»Sem zagovornik odprte znanosti, nekateri me imenujejo za aktivista«

Piše: dr. Sonja Bezjak

S Pedrom Fernandesom, iz Gulbenkianovega znanstvenega inštituta, sva se spoznala v Hannovru, v Nemčiji, pri pisanju priročnika za usposabljanje na področju odprte znanosti. Pedro ima veliko izkušenj z usposabljanjem raziskovalcev s področja bioinformatike. V okviru programa ELIXIR je že sodeloval tudi s slovenskimi raziskovalci. Ob prvem srečanju je izrazil svoje navdušenje nad Slovenijo. In tako sva se začela pogovarjati …

Pedro, prosim, če nam poveš, v kakšnem raziskovalnem okolju deluješ?

Naš inštitut se nahaja v Oeiras, nedaleč od Lizbone, portugalske prestolnice. Sestavlja ga več raziskovalnih skupin in enot, ki izvajamo podporne storitve. Začetki Gulbenkianovega znanstvenega inštituta (Instituto Gulbenkian de Ciência) segajo v 60 leta 20. stoletja, ko smo kot klasičen zasebni raziskovalni inštitut sodelovali z univerzami. Po dvajsetih letih dela so prevladale raziskave s področja biomedicine. Danes inštitut zaposluje okoli 450 ljudi, ki pripadajo več kot 40 različnim narodnostim. IGC je danes mednarodno dobro prepoznaven inštitut in velja za liberalno delovno okolje, primerno za preverjanje novih idej, odprte diskusije in usposabljanje bodočih znanstvenikov.

Po kateri poti pa si se ti pridružil IGC? In kako ste vključeni v podatkovno infrastrukturo Elixir?

Na Univerzi v Lizboni sem zaključil študij elektronike in telekomunikacij. Čeprav sem svojo poklicno pot v 70ih začel na področju biologije, natančneje v biomehaniki, biofiziki in fiziologiji, sem v 80ih presedlal na področje bioinformatike in tam začel izvajati storitve na nacionalni ravni. Že kmalu sem ugotovil, da so velike potrebe (in to še danes) po izobrazevanju in prakticnem usposabljanju za uporabo podatkovnih virov in analitičnih orodij. Tako sem leta 1999 zasnoval Gulbenkianov izobraževalni program s področja bioinformatike (http://gtpb.igc.gulbenkian.pt). Do danes se je v programu usposabljalo več kot 5200 ljudi, ki potrebujejo veščine in znanje s področja bioinformatike. Medtem se je razvila evropska infrastruktura za biomedicinske podatke, imenovana ELIXIR, in Portugalska je postala članica. Sem koordinator usposabljanja za Portugalsko pri ELIXIR in na nacionalni ravni (biodata.pt). Moja naloga  je, da je program usklajen in prilagojen nacionalnim potrebam. Kot predstavnik IGC pa sodelujem tudi v Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training (GOBLET). Vsakodnevno se ukvarjam z izvajanjem praktičnega usposabljanja, zato se stalno izpopolnjujem v metodah, še posebej v smislu aktivnega učenja. To obsega najrazličnejše aktivnosti, od oblikovanja tečajev, razvoja orodij, organiziranja gradiva in zbiranja povratnih informacij. Sicer pa sem že dolgo zagovornik odprte znanosti. V zadnjem obdobju so se moje aktivnosti na tem področju precej povečale in nekateri me že imenujejo za aktivista.

Vir: ELIXIR

S kakšnimi podatkovnimi izzivi se običajno srečujete na vašem raziskovalnem področju?

Na področju bioinformatike smo bili kar zgodnji glede priprave načrtov za ravnanje z raziskovalnimi podatki ter glede deljenja podatkov. Kljub temu pa nas niso obšle običajne dileme, ki pestijo znanstveno skupnost. Še zmeraj predstavlja problem standardizacija postopkov in raziskovalci še niso pripravljeni deliti podatkov do te mere, kot se pričakuje. Še zmeraj je potrebno vlagati veliko napora v izobraževanje in potrebno bo sprejeti določene ukrepe. Razumevanje konceptov, kot so »data governance«, kakovost podatkov, »data stewardship«, interoperabilnost in FAIR podatki, moramo na področju bioinformatike še poglobiti, naši raziskovalci se v splošnem bolj posvečajo razvoju programske opreme in vzdrževanju podatkovnih baz. Usposabljanja pri tem seveda igrajo pomembno vlogo, zato bi jih morali še precej razširiti, da bi dosegli čim več raziskovalcev.
Učenje na daljavo in e-učenje bo gotovo igralo pomembnejšo vlogo, seveda pa za to potrebujemo več sredstev in ljudi.

Ali je Portugalska že sprejela politike odprtega dostopa in odprtih podatkov? Ali je priprava načrta za ravnanje z raziskovalnimi podatki že obveza?

Priprava NRRP na Portugalskem še ni obveza. Pa vendarle so se v zadnjih dveh letih zahteve že pojavile v razpisih za raziskovalna sredstva. Vse več je priporočil, da naj raziskovalci začnejo s pripravo NRRP. Npr. Univerza v Minho, ki se nahaja v Bragi in Guimarãesu, je zelo aktivna pri spodbujanju raziskovalcev in zagotavljanju podpore v obliki institucionalnih repozitorijev za publikacije. Pomembno vlogo igrajo tudi novoustanovljene nacionalne infrastrukture, ki bodo gotovo lahko pomagale narediti pomemben korak naprej. Tudi tukaj se bosta dopolnjevala izobraževanje in praktično usposabljanje. Institucije postajajo občutljive na vprašanja v povezavi z zaščito intelektualne lastnine, potrebo po deljenju podatkov, pojav pred-publikacij, vprašanje avtorstva, priznanja tehničnega dela in drugo. V idealnem smislu bi raziskovanje moralo slediti potrebi po pridobivanju novega znanja in krepitvi tega znanja. V resnici pa raziskovalci, posamezno in v skupinah, težko preživijo v svetu, ki ga poganjajo pritiski po čim več objavah, s katerimi so povezani sredstva, štipendije in usposobljeni ljudje. Dobro strukturirana Odprta znanost prinaša nove priložnosti. Nacionalna agencija, ki financira raziskovanje (FCT) neposredno in posredno promovira različne aktivnosti s tem v zvezi.

Vir: GTPB

Leta 2017 je izšla knjiga o odprti znanosti »Open Science, Open Data, Open Source«, ki sta jo napisala s sodelavcem. Zakaj sta se odločila za pisanje knjige? Komu je namenjena?

Junija 2017 smo objavili vabilo za praktično delavnico na temo »Reproducible, Open Data Science for Life Scientists.« Dobili smo veliko pohval in obljub, da se bodo dogodka zagotovo udeležili, toda na koncu smo dogodek odpovedali, ker je bilo premalo prijav. Ker smo gradivo že pripravili, sva se s sodelavcem odločila, da ga preoblikujeva v brezplačno e-knjigo. Oktobra 2017 je izšla knjiga z naslovom: “Open Science, Open Data, Open Source“, pod katero sva se podpisala Rutger A. Vos in Pedro L. Fernandes. Knjiga naslavlja konceptualne, tehnološke in družbene izzive v povezavi s praksami odprte znanosti in raziskovanja. Ciljala sva na raznoliko publiko, zato sva se odločila, da predstaviva osnove. Knjiga je zasnovana tako, da jo lahko beremo v več smereh. Da bi se bralci hitreje znašli, sva pripravila »zemljevid« (https://pfern.github.io/OSODOS/gitbook/ROADMAP/). Knjigo priporočava laboratorijskih tehnikom, podatkovnim znanstvenikom, raziskovalcem, znanstvenim založnikom, financerjem znanosti, oblikovalcem politik znanosti in promotorjem znanosti. V veliko veselje mi je bilo delati z Rutgerjem Vosom, s katerim sva se samostojno lotila dela, pisala sva poglobljeno in intenzivno štiri dni, s prekinitvami za dobro hrano in spanje. Temu je sledilo uredniško delo, revizija in končna objava 17. oktobra 2017.

V zaključku pa še na kratko o t. i. knjižnem šprintu (booksprint) v Hannovru, kjer smo avtorji ustvarili še eno knjigo s področja odprte znanosti.

Z učbenikom »Open Science Training Handbook« smo skušali narediti širok izbor relevantnih virov in orodij, ki so v pomoč pri izvedbi usposabljanj s področja odprte znanosti. Pisali smo v Hannovru, Nemčija, v sredini februarja 2018, pod okriljem EU projekta FOSTER PLUS (https://www.fosteropenscience.eu/ ). 14 avtorjev je v samo štirih dneh premislilo izjemno količino informacij in zapisalo več kot 33 000 besed.

S Pedrom Fernandesom vas vabiva k branju in uporabi priročnika »Open Science Training Handbook«!

Prejšnji članek

O pravnih in etičnih vidikih raziskovanja na aprilski delavnici

Naslednji članek

Delavnica »Train the Trainers on Research Data Management«

Dodaj odgovor

Vaš e-naslov ne bo objavljen. * označuje zahtevana polja